-3x3 부대 공간은 가장 앞 쪽의 전방, 중앙의 리더와 측방, 가장 뒤의 후방으로 이루어집니다.

픽셀 택틱스를 특별한 게임으로 만들어 주는 것은 다양한 카드 사용 방식입니다.
같은 카드를 다양한 방식으로 사용할 수 있다는 점은 픽셀 택틱스의 전략성을 높여주고, 플레이어에게 매 게임마다 새로운 경험을 부여합니다.

우선 모든 카드는 리더로 사용할 수 있습니다. 리더의 이름, 별명, 기본 능력(공격력, 생명력), 특수 능력(지속 효과 또는 특수 액션)이 적혀있습니다. 리더는 전장의 중앙에 위치하며, 상대방의 리더를 먼저 쓰러뜨리면 승리합니다.

리더를 결정하면, 덱의 나머지 카드들은 전부 영웅으로 활용할 수 있습니다. 영웅 카드에는 이름, 기본 능력(공격력, 생명력)과 함께 위치와 용도에 따른 효과가 기술되어 있습니다. 가령 소생술사는, 전방에 배치되면 마법 액션을 통해 자신의 생명력을 모두 회복할 수 있습니다. 또는 후방에 배치되면 카드를 버리며 시체를 부활시킬 수 있습니다. 배치하지 않고 손에 들고 있다가 버리며(주문) 시체를 부활시킬 수도 있습니다.

이와 같이 하나의 카드에 여러 사용 방법이 있기 때문에, 카드를 나의 전략 방향와 상황에 맞게 잘 사용해야 합니다. 어떤 카드를 어느 시점에 사용할지, 그리고 영웅 카드가 언제 어디에서 어떻게 능력을 발휘할지 전부 플레이어가 결정하고, 이에 따라 게임의 양상이 달라집니다. 이러한 특징 때문에 픽셀 택틱스는 동일한 방식으로 진행되는 게임이 나오기 힘들어 리플레이성이 높고 전략적 요소가 많은 게임입니다. 그리고 쉽게 배울 수 있지만 마스터하기는 어려운 게임입니다.

-한 라운드 동안 플레이어들은 번갈아가며 각각 세 턴(앞 줄에서 뒤로 전방턴, 측방턴, 후방턴의 순서)씩 진행합니다. 각 턴마다 플레이어들은 다음 중 원하는 두 개의 액션을 수행합니다.

소집 : 덱에서 카드를 한 장 뽑아 손으로 가져옵니다. 5장 이상의 카드를 가지고 있다면 소집 액션을 할 수 없습니다.
배치 : 현재 턴이 진행 중인 부대열에 손에 있는 영웅 카드 한 장을 놓니다.
주문 : 손에 있는 카드 중 하나의 주문을 사용합니다. 효과를 적용한 후 해당 카드는 즉시 버립니다. 
매장 : 영웅이 사망하면 시체는 전장에 그대로 남게 되고(카드가 뒤집힌 상태로) 자리만 차지하게 됩니다. 매장 액션으로 시체를 버릴 수 있습니다.
작전 : 일정 기간 지속되는 효과를 활성화 시킵니다.
함정 : 특수 조건이 만족되면 발동되는 함정을 설치합니다.
공격 : 현재 턴이 진행 중인 부대열에 있는 영웅 또는 리더로 공격합니다. 근거리 공격 또는 원거리 공격을 하고 피해량은 공격하는 영웅 또는 리더의 공격력과 동일합니다. 체력이 모두 소진된 리더 또는 영웅은 후공 플레이어의 턴이 끝날 때 사망합니다.
마법 : 현재 턴이 진행 중인 부대열에 있는 영웅으로 마법을 사용합니다.
이동 : 빈 공간으로 영웅을 이동시킵니다. 이번 턴에 이동한 영웅은 공격을 하거나 마법을 사용할 수 없으며, 리더는 어떤 경우에도 이동할 수 없습니다.
교체 : 자신의 전장에 속한 서로 다른 두 영웅 또는 시체(어떤 조합으로든 가능)의 자리를 바꿉니다. 두 번의 액션 횟수가 소모됩니다.
리더 특수 액션 : 자신의 리더가 특수 액션을 가지고 있다면 사용합니다.

모든 플레이어가 후방 턴까지 종료하면 라운드가 종료되며, 선 플레이어가 바뀐 상태로 다음 라운드를 시작합니다. 이와 같은 방식으로 리더가 사망할 때까지 게임을 진행합니다.